L'épisode commence avec une fée et de petites créatures (Mini-fées) qui s'échappent d'un Phœnix mauvais. Après, le Winx Club retourne à Alféa pour leur deuxième année et trouve une fée qui est épuisée, elle s'est échappée, mais sans les mini-fées.

La nouvelle fée se présente comme Layla et demande l'aide du Winx Club pour sauver ses amies les Mini-fées (Pixies) enlevées et qu'elle n'a pas sauvées, mais il se trouve qu'elle a quand même réussie à sauver une mini-fée appelée Piff . Les Trix obtiennent leur Gloomix de Lord Darkar, le Phœnix mauvais.

Mme Faragonda organise une mission qui s'adresse à Bloom, Stella et Layla (Musa est mécontente mais se ressaisit) Avec l'aide des Spécialistes, les Winx tentent de sauver les mini-fées. Pendant le sauvetage, Brandon et Stella sont séparés du groupe

Brandon et Stella trouvent une civilisation souterraine. La princesse Amentia oblige Brandon à être son mari. S'il refuse, Stella mourra par manque de lumière.

Les Winx se regroupent avec Sky pour aller sauver les mini-fées. Mais sur le chemin de la forteresse, elles feront la rencontre de vieilles connaissances.

Après le départ du repaire de Lord Darkar, Bloom, Stella, Layla, Sky et les mini-fées essayent de sauver Brandon.

Une pierre mystérieuse apparaît près d'Alféa et neutralise la magie de n'importe quelle créature qui s'approche. Les Winx tentent de la détruire, mais échouent.

Le Winx Club va à Fontaine Rouge pour une fête de ré-ouverture de l'école. Les Trix s'infiltrent dans la fête et se font passer pour d'autres. Envoyées par Lord Darkar pour capturer une partie du Codex, elles mettent tout en œuvre pour y arriver .Flora va faire la rencontre d'un garçon qui lui sauvera la vie ; Hélia apparaît.

L'intérêt du nouveau professeur (Avalon) sur Bloom fait que le reste du Winx Club lui portent des soupçons.

 Les Trix lancent une attaque contre la Fontaine Rouge pour capturer une partie du Codex, et elles l'atteignent. Sky est gravement blessé mais sera secouru par les nouveaux pouvoirs de Bloom.

Un cause d'un sortilège lancé par le Phoenix, les mini-fées deviennent nostalgiques et veulent retourner dans leur village. Si elles y parviennent, Lord Darkar aura le second fragment du Codex. Une course contre la montre est alors engagée.

Un jeune garçon, amoureux de Musa, est possédé par Darcy: sous le sort de cette dernière, il corrompt le simulateur virtuel pour que les Winx se retrouve piégées à l'intérieur.

Bloom, se rend à Gardénia avec ses amies afin de soutenir sa mère durant un procès. Pendant ce temps Musa et Layla attirent l'attention de personnes pas du tout recommandables.

Sky part avec Bloom, Flora et Brandon sur la planète Eraklyon, afin de sauver son ancienne fiancée, la princesse Diaspro, qui a été enlevée par des hommes de Yoshinoya. Pendant ce temps à Alféa, Stormy a une confrontation avec Musa.

 Musa est préparée pour chanter à Fontaine Rouge, mais son père s'oppose à son intérêt pour la musique et veut transférer Musa dans une autre école. Stormy est de retour et attaque le père de Musa pour se venger de la fée.

Jolly lit une carte et prédit danger pour les personnes qui partent en voyage. Mitzi invite Bloom et ses amies à sa fête d'Halloween dans une maison hantée.

Les Winx vont à la Tour Nuage avec Mirta comme guide pour protéger une partie du Codex présent dans l'école et par la même occasion, de faire alliance avec les sorcières.

Les Trix débarquent à la Tour Nuage tenter de dérober le fragment présent dans l'école, mais les Winx se mettent en travers de leur route.

Sous l'emprise d'un mauvais sort, Bloom devient Dark Bloom et dérobe une partie du Codex caché dans les archives d'Alféa.

Le professeur Avalon a été empoisonné par une plante venimeuse. Afin de pouvoir le sauver Livy décide de se rendre au village des minis-fées où elle trouvera l'antidote, mais elle est suivie de près par Icy et les créatures de Lord Darkar.

Les Winx avec les Spécialistes continuent leurs vacances dans le royaume anti-magique . Stella et Musa gagnent leur Charmix.

Darkar vient de se rendre compte qu'il doit s'emparer de Bloom pour activer le Codex. Les Trix lancent une attaque sur les Winx et les Spécialistes. Layla et Tecna gagnent leur Charmix.

Alors que Flora reste dans le village des Mini-fées afin de guérir l'Arbre de Vie, le vrai Avalon réussit à s'échapper du château de Lord Darkar et arrive à Alféa. Flora gagne son Charmix en avouant ses sentiments à Hélia. Le faux professeur Avalon capture Bloom et l'emmène dans la forteresse des ténèbres où l'attend Darkar.

Les Winx, les Mini-fées et les Spécialistes vont sauver Bloom, qui est retenue prisonnière dans la cité souterraine de Darkar. Celui-ci veut pervertir son âme afin de libérer le pouvoir du Realix et conquérir la dimension magique.

 Les Winx et les Spécialistes continuent chercher Bloom, qui a été transformée en Dark Bloom, et vont au château de Darkar. Darkar se prépare à entrer dans le royaume de Realix avec Dark Bloom.

Le moment de vérité est enfin arrivé et les Winx sont encore bien loin du portail ouvert par Lord Darkar. Le phœnix de l'ombre débute la cérémonie du pouvoir en demandant à Bloom des ténèbres de réciter l'incantation du Realix. Pendant ce temps, les Spécialistes combattent courageusement les créatures des souterrains et Faragonda, Griffin et Codatorta se retrouvent face à face dans un combat qui les livre à Kerborg, le démon de Darkar. Les directeurs arrivent à vaincre le monstre par un sort de force, mais ils savent que le pire est encore à venir, et que l'affrontement contre Darkar ne sera pas de tout repos. Lord Darkar prend rapidement l'avantage, mais un événement va faire pencher la balance… les Trix sont de retour et sont furieuse contre Darkar. Un combat les opposent, mais les sorcières ne sont pas assez puissantes. Bloom quant à elle libère le Realix, signal que la lutte est terminée et remportée par le phœnix. Mais la déclaration que Sky fait à Bloom libère la fée de l'emprise des ténèbres qui part à la rescousse de ses compagnons. Les Winx, les Spécialistes et les directeurs sont prêts pour l'assaut final. Les garçons et les directeurs s'empressent de former un bouclier, alors que les Winx invoque le pouvoir du Charmix et le converge dans une attaque qui pulvérise le phœnix. Les Winx ayant gagnées, elles retournent à Alféa ou toute l'école les accueille très chaleureusement.