Résumés des épisodes 1 à 13 de la saison 2.

L'épisode commence avec une fée et de petites créatures (Mini-fées) qui s'échappent d'un Phœnix mauvais. Après, le Winx Club retourne à Alféa pour leur deuxième année et trouve une fée qui est épuisée, elle s'est échappée, mais sans les mini-fées.

La nouvelle fée se présente comme Layla et demande l'aide du Winx Club pour sauver ses amies les Mini-fées (Pixies) enlevées et qu'elle n'a pas sauvées, mais il se trouve qu'elle a quand même réussie à sauver une mini-fée appelée Piff . Les Trix obtiennent leur Gloomix de Lord Darkar, le Phœnix mauvais.

Mme Faragonda organise une mission qui s'adresse à Bloom, Stella et Layla (Musa est mécontente mais se ressaisit) Avec l'aide des Spécialistes, les Winx tentent de sauver les mini-fées. Pendant le sauvetage, Brandon et Stella sont séparés du groupe

Brandon et Stella trouvent une civilisation souterraine. La princesse Amentia oblige Brandon à être son mari. S'il refuse, Stella mourra par manque de lumière.

Les Winx se regroupent avec Sky pour aller sauver les mini-fées. Mais sur le chemin de la forteresse, elles feront la rencontre de vieilles connaissances.

Après le départ du repaire de Lord Darkar, Bloom, Stella, Layla, Sky et les mini-fées essayent de sauver Brandon.

Une pierre mystérieuse apparaît près d'Alféa et neutralise la magie de n'importe quelle créature qui s'approche. Les Winx tentent de la détruire, mais échouent.

Le Winx Club va à Fontaine Rouge pour une fête de ré-ouverture de l'école. Les Trix s'infiltrent dans la fête et se font passer pour d'autres. Envoyées par Lord Darkar pour capturer une partie du Codex, elles mettent tout en œuvre pour y arriver .Flora va faire la rencontre d'un garçon qui lui sauvera la vie ; Hélia apparaît.

L'intérêt du nouveau professeur (Avalon) sur Bloom fait que le reste du Winx Club lui portent des soupçons.

 Les Trix lancent une attaque contre la Fontaine Rouge pour capturer une partie du Codex, et elles l'atteignent. Sky est gravement blessé mais sera secouru par les nouveaux pouvoirs de Bloom.

Un cause d'un sortilège lancé par le Phoenix, les mini-fées deviennent nostalgiques et veulent retourner dans leur village. Si elles y parviennent, Lord Darkar aura le second fragment du Codex. Une course contre la montre est alors engagée.

Un jeune garçon, amoureux de Musa, est possédé par Darcy: sous le sort de cette dernière, il corrompt le simulateur virtuel pour que les Winx se retrouve piégées à l'intérieur.

Bloom, se rend à Gardénia avec ses amies afin de soutenir sa mère durant un procès. Pendant ce temps Musa et Layla attirent l'attention de personnes pas du tout recommandables.