Les Winx prennent la grande décision de dissoudre le club des Winx, en raison de la disparition de Tecna. Cependant, avant de l'abolir, elles partent en direction de la Tour Nuage pour vaincre Valtor, une fois pour toutes. Vont-elles réussir à venger leur amie?

Bloom se rend à Pyros, sur l'île des dragons, pour gagner son Enchantix et pour augmenter ses pouvoirs afin de battre Valtor. Là-bas, elle y rencontre un dragon, Buddy, qui l'aide à devenir un dragon. Pendant ce temps, Timmy essaie désespérément d'établir une connexion avec Tecna.

Bloom continue sur Pyros et retrouve une sorcière nommée Maya, une amie de Faragonda, qui propose de former Bloom et l'aider à devenir plus forte. Pendant ce temps, les Winx et les Spécialistes arrivent à l'emplacement approximatif de Tecna dans la dimension Oméga. Était-ce un piège? Sur Pyros, les Trix jouent une fois de plus les trouble-fêtes en interrompant la formation de Bloom. En gardant son calme face aux provocations des trois sorcières cruelles, Bloom gagne enfin son fameux Enchantix.

Sky et Bloom sauvent Tecna. Bloom et Tecna tombent d'une corniche, et trouvent les autres Winx, qui sont attaquées par des serpents de glace. Avec leur aide, ils parviennent à s'échapper avec les Spécialistes. Les Winx et les Spécialistes retournent à Alféa, et célèbrent leur victoire avec une soirée pyjama et une bataille d'oreillers.

Après un entraînement qui s'est mal passé pour Bloom, Mme Faragonda apprend à celle-ci que son Enchantix est dangereusement incomplet, n'ayant pas obtenu son pouvoir suprême de la façon habituelle. Valtor annonce son intention de voler une relique associée à la destruction de la planète Domino. Ophir, qui est intéressé par Layla, participe à la défense du musée. Mais Valtor veut la boîte qu'il contient, et non pas son contenu. En effet, la boîte d'Agador peut enfermer les sorts et les pouvoirs de toutes les dimensions magiques. Valtor défit Bloom, qui réussit à esquiver son sortilège mais Ophir sauve la vie à Layla, tout en permettant à Valtor de récupérer ce qu'il était venu chercher.

La comtesse Cassandra annonce son intention de se marier avec le père de Stella. Les Spécialistes se font passer pour des pilotes professionnels, les Voltigeurs à moto, en raison de la sécurité serrée. À la fin, Stella annule les effets de la magie de Cassandra sur son père.

Alors que les Winx sont en une mission, leur Pixies doivent défendre leur village d'Icy, Darcy et Stormy.

Afin de vaincre une bonne fois pour toutes Valtor les Winx décident de se rendre dans le royaume doré et d'y récupérer un pouvoir ancien très puissant .

Les 5 Winx franchissent la petite porte en devenant minuscules. Bloom ne les accompagne pas, son Enchantix étant incomplet . Pour obtenir les étoiles d'eau et vaincre le terrible sorcier, trois Winx (Stella, Musa et Tecna) doivent trouver leur chemin dans un labyrinthe de cristal. Si elles ne parviennent pas à trouver la sortie, elles seront perdues dans le temps à tout jamais. Cependant, si les fées trouvent la fin de ce souterrain, elles auront à choisir entre deux portes, dont l'une d'elles contiennent les étoiles d'eau. Tecna est la première à franchir l'arrivée, et elle a le choix entre un monde plein de logique et l'autre un monde où il y a de l'amour, et où se trouvent Timmy et ses amies. Stella doit prendre soit la porte où se reflète son beau visage actuel, soit la porte où se trouve un visage, fade, dénué de beauté. Musa hésite entre la sortie où se trouve les étoiles d'eau et l'autre où elle pourrait parler et embrasser sa mère, qu'elle a perdu lorsqu'elle était toute petite. Les fées réussissent le défi en prouvant leur détermination à sauver le monde en prenant toutes les trois la sortie des étoiles. Finalement, Arcadia redonne à la fée du soleil et de la lune son visage souriant, et à Tecna une réflexion basée sur ses jugements et ses sentiments, et non sur la technologie. Elle ne peut malheureusement rien faire pour la fée de la musique. Pendant ce temps, les Trix attaquent les Spécialistes et la fée de la Flamme du Dragon, mais les autres filles arrivent à temps.

Valtor défi les trois directeurs ( Faragonda, Griffin et Saladin) à un duel. Les Winx découvrent que le duel est une distraction pour occuper les directeurs tandis que le réel Valtor attaque Alféa, sans défense. Bloom attaque Valtor, et fait appel aux étoiles d'eau pour anéantir le sorcier. Celui-ci la manipule en lui faisant croire que ses parents, Oritel et Marion, sont prisonniers à l'intérieur de lui, et réussit à s'échapper. Ophir révèle qu'il est Nabu.

Les Winx vont à la crypte de la Tour Nuage pour contacter les sorcières qui ont détruit Domino. Valtor donne un nouveau pouvoirs aux Trix qui leur permettra de vaincre les Winx ; le Disenchantix.

Valtor lance un sort composé des quatre éléments (le feu à Alféa, l'eau à la Tour Nuage, la terre dans la ville de Magix et l'air à la Fontaine Rouge) pour conquérir Magix. Les Winx sont disposées à vaincre Valtor une bonne fois pour toutes. Bloom utilise sa poussière de fée, que Valtor croit qu'elle le fait pour le battre. Après qu'il l'ait poussée, les Winx se rendent compte que l'objectif de Bloom n'était pas de détruire le sorcier, mais de libérer tous les sorts volés aux royaumes de la dimension magique. Valtor, s'en rend compte, malheureusement trop tard. Il réussit à sauver un seul pouvoir, celui des quatre éléments. Alors qu'il est mal en point, il ordonne aux Trix de l'aider, mais celles-ci préfèrent l'abandonner.

Les Winx célèbrent leur victoire contre Valtor, et décident de restaurer la paix et l'harmonie dans la dimension Magique, en commençant par la forêt des bois verts. À Alféa, Bloom n'est pas rassurée et ressent la présence de Valtor. Elle informe Faragonda et Griffin qui sonnent l'alerte aux fées du Winx Club. Stella et les autres fées n'en reviennent pas que le sorcier soit toujours en vie. Mais le témoignage d'Hélia, qui est le seul rescapé de l'attaque de Valtor, qui a capturé Sky, Brandon, Riven et Timmy. Le jeune homme avertit les filles du danger qu'elle court si elles se lancent seules dans ce guet-apens. Mais les six fées sont persuadées de pouvoir se confronter à Valtor et de la vaincre définitivement. Valtor, par l'intermédiaire d'Hélia les invite à se battre dans la brèche du portail Oméga se trouvant à Andros. Bloom, Stella, Tecna, Layla, Musa et Flora avec l'aide d'Hélia et de Nabu partent en direction du portail. Mais les radars ne captent aucune présence magique sur Andros, mais Bloom est certaine que Valtor se trouve là-bas, son pouvoir du feu du dragon étant le même que le sorcier. Arrivés au sommet de l'île d'Andros, les Winx entrent en contact avec Valtor qui les menace de libérer le pouvoir des quatre éléments. Les Winx lui tiennent tête et Valtor, furieux, libère une tornade au sommet de l'île qui semblerait enfermer Timmy. Tecna demande alors aux autres de partir à la rescousse des autres Spécialistes. Stella retrouve Brandon enchaîné dans une grotte, Musa découvre Riven transformé en une statue de pierre, et Bloom retrouve Sky prisonnier d'un mur de feu. Pendant ce temps, Layla, Nabu, Flora et Hélia entrent dans les cachots du portail et trouve les vrais Spécialistes enfermés sous les barreaux. Les garçons que les Winx ont découverts n'étaient que des copies et se trouvaient être les pantins du sorcier. Ainsi, Tecna combat la force du vent, Musa celle de la terre, Bloom celle du feu et Stella celle de l'eau. Bloom comprend que le seul moyen de neutraliser les éléments, c'est de s'attaquer à leur créateur qui n'est autre que Valtor. Par une attaque à distance, la fée réussit à le toucher. Plongé dans un profond sommeil, Valtor se transforme en un terrible monstre. Une fois réveillé, il part à la conquête du portail de la dimension Magique, mais il est très vite rattrapé par Flora et Layla. Ces dernières sont rapidement mises à terre, mais au dernier moment, le reste des Winx arrivent pour les sauver. Le pouvoir Enchantix n'a aucun effet sur la nouvelle apparence de Valtor. Bloom décide alors de le vaincre seule en se matérialisant en une flamme qui pénètre dans l'esprit de Valtor. Grâce à l'usage de sa poussière de fée, Bloom arrive à détruire Valtor. Les Winx et les Spécialistes sont sauvés et repartent en direction d'Alféa où elles sont considérées comme des héroïnes. Mme Faragonda est persuadée que Bloom réussira ses examens de fin d'année, même si son Enchantix est incomplet. La fée de la flamme du dragon a très hâte de retrouver ses parents biologiques, qui ont été révélés vivant.