Dorénavant, Roxy est la septième Winx, et elles sont populaires dans Gardenia, mais doivent faire face à une paire de voleurs qui volent des animaux rares autour de Gardenia.

La nouvelle popularité des Winx fait enrager les sorciers du Cercle noir, et ils offrent à Mitzi et ses deux amies de les transformer en fées-sorcières. Pendant ce temps, Jason invite Musa à son mariage, et les Winx enseignent à Roxy les rudiments d'être une fée.

Tecna révèle qu'elle a créé un monde virtuel dans Internet pour virtualiser et cacher le cercle blanc, mais alors que les Winx vont au Frutti Music Bar, les sorciers du Cercle noir entrent dans le monde virtuel pour trouver et récupérer le Cercle Blanc.

Les Winx voyagent jusqu'au monde mythique de Tir Nan Og. Mais là-bas, elles sont victimes d'un piège fait par les Sorciers du Cercle noir afin que personne n'ouvre le portail conduisant aux fées de la Terre. Mais les Winx réussissent à s'enfuir de la prison ou elles étaient retenues et ouvrent le portail grâce au Cercle Blanc, permettant ainsi aux fées de la terre de se libérer, sauf que ces dernières avaient le désir de faire payer les Sorciers du Cercle noir et les humains, et demandèrent à Roxy et aux Winx de devenir des leurs ; chose que les Winx ont bien sûr refusé.

Diana, la fée de la nature sur Terre, commence la guerre contre l'humanité en transformant Gardenia en jungle. Les Winx doivent faire face à cette nouvelle menace, mais les Spécialistes sont enlevés. Sans compter que Morgana et ses fées guerrières sont déçues de Roxy et des Winx du fait qu'elles n'ont pas voulu les suivre et devenir des leurs.

Les Winx gagnent le Sophix, le premier cadeau de la destinée. Après avoir obtenu leurs nouveaux pouvoirs, elles entrent dans la forêt amazonienne, où Diana a fait sa nouvelle tanière. Mais quand elles arrivent, elles se battent contre fifres enchantés de Diana et Flora, Musa et Layla sont enlevées. Pendant ce temps, Bloom, Stella et Tecna localisent la source du pouvoir de Diana : le bourgeon sacré.

Les Winx et les Spécialistes s'échappent de la tanière de Diana et découvrent que le bourgeon sacré est connecté à elle : si la forêt est détruite, elle affaiblit Diana. Les Winx doivent sauver la forêt de Diana, et malgré tout la convaincre de la libération de son sort de la jungle sur Gardenia.

Les Winx font une alliance avec les Sorciers du Cercle noir pour aider l'un d'eux, Duman, qui a une maladie. Ils se déplacent vers les monts Sibyllins , où les Winx demandent la fée de la Justice, Sibylla, pour l'aide et la justice.

Aurora, la fée Nord, menace de recouvrir entièrement la Terre de glace. Les Winx, ayant obtenu le second pouvoir de la destinée, lui font face dans sa forteresse de glace. Roxy est alors blessée, victime du froid.

Les Winx devront faire face à Nebula, la fée de la guerre, en tentant de lui faire oublier la vengeance. Un combat opposera Bloom et Nebula qui passent un accord : si Bloom gagne, les fées de la Terre devront abandonner leur idée de vengeance, mais si c'est Nebula qui gagne, les Winx devront livrer les Sorciers du Cercle Noir à Morgana pour qu'elle puisse accomplir sa vengeance.

 Les Winx retournent à Tir Nan Og avec les Sorciers du Cercle Noir pour leur procès. Cependant Ogron utilise une dernière fois son anneau pour essayer d'anéantir les fées. Nabu effectue un grand sacrifice pour sauver Tir Nan Og et décède lors du processus, ce qui provoque une immense colère chez Layla qui décidera de quitter les Winx pour rejoindre l'armée de Nebula pour se venger.

Nebula capture Morgana et conquiert le royaume magique de Tir Nan Og. Ensuite, elle entraîne son armée dans la dimension Omega, où les Sorciers du Cercle noir restants (Ogron, Anagan et Gantlos) sont cachés. Après avoir libéré Morgana, Roxy découvre que Morgana est sa mère. Plus tard, les Winx doivent faire face à l'armée de Nebula vengeresse, conduits par Layla. Morgana et les Winx ne doivent pas seulement convaincre les "fées de la vengeance" de ne pas chercher à se venger, mais doivent maintenant convaincre Layla.

Le sorciers du Cercle Noir continuent leur vaine évasion, mais ils arrivent finalement au bout de la dimension. Pris au piège, ils décident de se cacher pour ne pas se faire repérer par les fées vengeresses. Nebula et Layla folles de rage sont à leur poursuite et retrouvent leurs traces. Une fois arrivées au bout du passage, les fées rencontrent les sorciers. Mais dissimulés derrière des murs de glace, il est impossible pour Layla et Nébula de toucher les sorciers. Nébula est vaincue rapidement par Ogron et seule Layla reste debout, envahie par la haine et le souvenir de Nabu. Les sorciers, croyant prendre l'avantage, sortent de leur cachette et attaquent Layla, qui s’affaiblit de plus en plus. Pendant ce temps, Bloom, Stella, Flora, Tecna, Musa et Roxy volent à toute vitesse le long du couloir de glace sur le point de s'effondrer. Elles aussi atteignent l’arène à temps et s'allient avec Layla et Nébula pour vaincre les sorciers. La convergence des Winx prend le dessus sur celle des sorciers. Le combat achevé, les Winx et Nébula fuient la dimension qui s'effondre et arrivent dans le royaume des fées. Morgana confie le titre de reine à Nébula et la paix revient sur la Terre. Le Winx Club se reforme et Layla repart à Andros pour remettre ses idées en place. Roxy retrouve son père, et Morgana libère Klaus du sortilège de l'oubli causé par la magie des sorciers. Les Winx retournent à Gardenia et reprennent leur quotidien habituel. À la fin de la journée, Layla revient et apprend de la part des Winx que ce soir elles sont invitées à un concert d'adieu. Roxy et Jason les accueillent au Frutti Music Bar. Les Spécialistes et Faragonda les rejoignent et Roxy demande à la directrice de s’inscrire. Pendant ce temps, les Winx exécutent une dernière performance musicale.