Les Winx sont à Gardenia, au Frutti Music Bar. Elles font la promotion de leur concert avec quelques démonstrations de leur pouvoir. Elles regardent le couronnement de Nereus en direct depuis le portable de Layla, jusqu'à ce que Tritannus l'attaque et interrompe le couronnement. Sur la plage, une plate-forme pétrolière prend feu et pollue l'océan, mais les Winx arrivent à temps pour sauver l'équipage.

Une plaque de pétrole persiste dans l'océan. Par l'un des portails qui relient tous les océans entre eux, cette plaque arrive dans l'océan d'Andros et Tritannus, touché par celle-ci, se transforme en monstre. Il libère les Trix et leur rend leurs pouvoirs. Alors affaibli d'avoir donné tant de puissance, il décide d'aller sur Terre pour être encore plus en contact avec les produits polluants.

Les Winx sont de retour à Alféa pour découvrir le moyen de se battre contre Tritannus. Faragonda les guidera à propos du pouvoir Sirenix et le livre Sirenix dont seule Daphnée connaît l'emplacement. Celle-ci finit par révéler à sa petite sœur où se trouve le livre antique, mais l'avertit qu'une malédiction pèse sur Sirenix, l'ayant transformé en un esprit désincarné. Les Trix interviennent et, rendues plus fortes grâce à Tritannus, s'en prennent aux Winx. Sky sauve Bloom d'un sortilège d'Icy, mais perd malheureusement la mémoire.

Tandis que Bloom veut rendre sa mémoire à Sky, Tecna cherche un moyen de trouver le Livre Sirenix dans la bibliothèque cachée d'Alféa. Les Trix, qui veulent aussi le livre, jouent un mauvais tour à Tecna et lancent un mauvais sort à son portable. Lorsqu'elle l'utilise pour chercher le livre dans la bibliothèque, elle se transforme en robot et les Winx doivent l'arrêter avant qu'elle ne détruise les archives magiques.

Les Winx et les Trix se battent dans une course contre la montre pour trouver une plante magique qui ne fleurit qu'une fois tous les siècles, le Lilo. Elle permettra aux Winx de s'assurer que les habitants de la planète Terre croient aux fées. Mais cette fleur féerique est détenue par Macy, la sœur de Mitzi. Un nouveau combat s'annonce pour les Winx…

Dans les ruines de Graynor, les Winx et les fées de la Dimension Magique tout entière rivalisent pour gagner un nouveau pouvoir, le pouvoir ancestral de la nature. Les Winx partent dans la forêt pour localiser la créature magique au manteau arc-en-ciel, mais les Trix interviennent et, rendues plus fortes grâce au pouvoir de Tritannus, réussissent à vaincre Stella, Tecna et Musa. Un cheval qui est censé être la créature magique est précipité d'une falaise et accroché à une branche, se retrouve sérieusement en danger. Mais Bloom, Flora et Layla interviennent pour protéger les trois autres. Lorsque la branche cède, Bloom utilise son pouvoir pour remonter le cheval sur la terre ferme. Grâce au pouvoir de la créature, les Trix sont vaincues. Les Winx gagnent la compétition, l'esprit donne sa bénédiction aux fées. Une fois revenues à Alféa, les Winx réfléchissent si elles sont toutes d'accord pour ouvrir le livre Sirenix. Le livre vient de donner aux fées, un nouveau pouvoir, L'Harmonix. Elles essayent de résoudre la première énigme, pour trouver la première gemme. Grâce à un véhicule de transport envoyé par le père de Layla, Les Winx plongent et essayent de trouver la gemme de la confiance en soi. Layla est surprise et voit une drôle de créature océane.

Bloom, Stella et Layla partent à la recherche des coquillages scintillants d'Andros. Grâce à l'aide de Lemi, gardienne d'Andros, Layla et ses amies les retrouvent dans les grottes des océans. Le lieu est infesté de toxines provenant de Tritannus, mais les fées réussissent à désinfecter la grotte à l'aide de la mélodie des coquillages. Grâce à la gardienne du Sirenix de Stella, les Winx découvrent que la première gemme Sirenix se trouve dans les profondeurs de Solaria. Flora, Stella et Layla se rendent alors sur les lieux et trouvent le premier joyau, tandis que Bloom, Tecna et Musa sont rappelées d'urgence sur Terre. Une fois sur place, les fées combattent les Trix et parviennent à les neutraliser. Les Trix remarquent que les fées sont devenues beaucoup plus puissantes qu'avant et en informent Tritannus. Il les rassure car il ne connaît qu'une seule personne capable de vaincre les Winx, Daphnée, la sœur ainée de Bloom.

Les Winx se rendent sur la planète Melody, à la recherche de la gemme de l'empathie. La mélodie contenue dans un souvenir que Musa à de sa mère, les aide à se rapprocher de la gemme cachée, mais quand le monstre Tritannus jette un sort à Musa, les Winx et leur mission se retrouvent sérieusement en danger. Après être retourné dans l'océan d'Andros, Tritannus va dans le palais de son père pour transformer la reine et le prince héritier Nereus en monstres mutants. Tritannus se venge, le roi Neptune prend son épée et veut anéantir Tritannus, mais il gagne et transforme également le roi Neptune et Tressa. Quant aux Winx, la gardienne de l'océan de Melody arrive à conjurer le sort que Tritannus avait jeté à Musa. Pour trouver le joyau de l'empathie, il leur faut trouver quelque chose en rapport avec la musique. Musa trouve une harpe dont les coraux sont les cordes et dont il faut jouer ensemble pour obtenir une belle mélodie. Quand le livre Sirenix s'ouvre à nouveau, il dit qu'il faut comprendre le message de la harpe. Et pendant que Daphnée discute avec Bloom, Tritannus la capture et la force à révéler le secret du pouvoir Sirenix.

Stella participe à un défilé de mode, mais les choses ne se passent pas comme prévu. Puis, sa quête d'inspiration a des conséquences totalement inattendues. Pendant ce temps, dans les eaux de Zénith, Les Winx doivent affronter les mutants de Tritannus, sur leur chemin de la gemme de l'empathie.

Bloom est triste car elle ne peut pas rentrer à Gardénia pour fêter Noël. Ses amis, qui ne connaissent pas cette fête, ont décidé de l'organiser pour elle, mais, ignorant tout des coutumes terriennes, font n'importe quoi. Icy, qui observe la scène, croit que Noël est un nouveau pouvoir et intervient avec ses sœurs pour le "voler" lors de la fête et tout gâcher. Une fois les Trix vaincues, Faragonda fait apparaître tous les éléments correctes pour que Bloom passe un joyeux Noël.

 Daphnée est torturée mentalement par Tritannus et les Trix, car ils veulent la forcer à révéler le secret du Sirenix. À Alfea, le spectacle acrobatique des spécialistes est ruiné par l'intervention des Trix avec un sort qui transforme les acrobates en lions noires.

C'est la fête de la résurrection de Domino. Pour contraindre Daphnée à révéler le secret du pouvoir Sirenix, Icy décide d'attaquer ses parents. Pendant ce temps, Bloom demande à ses parents la permission de s'absenter pendant la cérémonie, pour aller chercher la gemme du courage. Les Winx doivent conjurer le sort qu'a lancé Tritannus sur le corail jaune. Ensuite, elles croisent une créature qui est la gardienne de la gemme. Bloom se fait avaler par la créature, mais la fait exploser en récupérant la gemme. Ainsi, elles possèdent toutes les gemmes.

Afin d'obtenir le Sirenix et ainsi pénétrer dans l'Océan Infini, les Winx doivent activer la source magique du lac de Roccaluce. Cependant, Tritannus est bien décidé à se mettre en travers de leur chemin et fait tout pour détruire le lac et mettre les Winx en péril.

Les Winx nettoient la plage de Gardenia pendant que Tritannus et les Trix se rendent au Trône de l'Empereur .

 Le roi Thérédor donne à sa fille Layla l'épée du roi Neptune qui possède des pouvoirs extraordinaires.De son côté, Tritannus s'empare du sceau du Pilier de la Lumière causant une éclipse à travers la Dimension Magique. Stella pourra-t-elle sauver son père, le roi Radius dont la vie est reliée au soleil de Solaria ?

Le roi Radius est au plus mal, Luna la mère de Stella reste à son chevet et le soutient du mieux qu'elle peut. Seules les Winx pourront changer la situation. Mais réussiront-elle à sauver le Pilier de la Lumière et toute la Dimension Magique ?

Alors que Tritannus tente d'activer le Trône de l'Empereur, Daphnée met en garde Stormy et Darcy sur ce qui risque de ce produire s'il y parvient.

Les Trix continuent d'accompagner Tritannus dans sa quête maléfique pour devenir Empereur de l'Océan Infini. En chemin, ils rencontrent le Dévoreur: une terrible créature des profondeurs de l'océan qui est maintenant sous le contrôle de Tritannus qui le charge de dévorer les Selkies.

Pour activer le Trône de l'Empereur dans l'Océan Infini, Tritannus continue sa quête des sceaux et s'attaque au Pilier de l’Équilibre duquel il arrive à arracher le sceau. C'est au côté d'Icy qu'il triomphe pendant que la Dimension Magique est sur le point de s'effondrer. Les Winx avec les Selkies vont combattre Icy et Tritannus. Mais l'intervention de Stormy et Darcy avec les baleines chantantes de Melody va tout changer.

 Les Winx continuent de se défendre face à Tritannus et à Icy. Mais la mission devient encore plus délicate quand les baleines chantantes de Melody font leur apparition dans l'Océan Infini menées par Darcy et Stormy.

 L'entraînement des pouvoirs Sirenix continuent avec une simulation au lac de Roccaluce où les Winx affrontent une créature des mers. C'est Tecna qui arrive à sauver les autres Winx grâce à son pouvoir Sirenix. Pour la remercier, les Winx et les Spécialistes organisent un rendez-vous galant pour Tecna et Timmy dans un restaurant chic de Magix. Mais Tecna est interrompue par Musa et les Winx qui se sont fait capturer par un serpent des mers.

Après un match de volley à Alféa, Flora va de plus en plus mal : elle croit que Hélia aime la princesse Krystal de Lynphéa pendant que Tecna suit avec attention la conférence du roi Cryos de la planète Zénith qui doit annoncer s'il s'unira avec les autres royaumes pour vaincre Tritannus.

La malédiction du Sirenix commence à s'abattre sur Tritannus comme elle s'est abattue sur Politea, une fée Sirenix. Tritannus décide alors de la retrouver pour prendre son pouvoir Sirenix et pour ensuite activer le Trône de l'Empereur.

 Les dirigeants des planètes de Domino et Eraklyon se réunissent afin d'établir un plan pour enfin anéantir Tritannus. Mais pendant ce temps, Icy et Tritannus s'attaque à la baie du Paradis qui pourrait être détruite à cause de la pollution.

Dans un dur combat ayant lieu sous l'eau, l'armée des Selkies, Nereus et Tressa se joignent aux Winx, pour vaincre l'ennemi commun. Pendant la bataille Tritannus capture Layla pour s'emparer de son pouvoir Sirenix et activer le Trône de l'Empereur.

Après l'activation du Trône de l'Empereur, Tritannus n'est plus capable de se contrôler et devient une bête furieuse, bouleversant les eaux de tous les mondes. Malgré son amour pour Icy, Tritannus l'attaque. Darcy et Stormy réussissent à sauver Icy et sont contraintes de fuir. Alors que les Winx sont engagées dans une tentative désespérée pour sauver les habitants d'Andros de la montée des eaux, c'est à Bloom et Nereus de libérer Layla et Daphnée et de vaincre une fois pour toutes Tritannus.